Im Jahre 1002 beschenkte Kaiser Heinrich der Heilige die "Alte Kapelle" in Regensburg mit der Pfarrei Oberweiling und vermutlich auch mit der Ortschaft Rammersberg. Danach erst wurde die Kirche Sankt Nikolaus erbaut, worauf der mittelalterliche Kern der Chorturmanlage hindeutet. Bereits diese erste Kirche war dem heiligen Nikolaus geweiht und gehörte zur Pfarrei (Ober-)Weiling:
Während der Reformationszeit mussten auch die Bewohner Rammersbergs die Konfession ihres jeweiligen Landesherren annehmen. 1538 zunächst lutherisch, danach erfolgte mehrfach ein Wechsel zwischen der Lehre Luthers und der Lehre Kalvins. Ab 1617 wurde die katholische Konfession wieder eingeführt.
Die Rammersberger Filialkirche Sankt Nikolaus wird im Jahr 1654 bereits sechs Jahre nach dem 30-jährigen Krieg in seiner heutigen Form wiedererrichtet und ist damit älter als die meisten umliegenden Gotteshäuser, wie z.B. Lengenfeld, Günching, Harenzhofen oder Deusmauer.
Am 21. September 1817 wurde Rammersberg nach Lengenfeld eingepfarrt.
Bis 1966 hatte die Pfarrei Lengenfeld einen eigenen Pfarrer. Seit 1966 werden die beiden Pfarreien Lengenfeld und Günching von einen gemeinsamen Pfarrer betreut, der jetzige ist Pfarrer Bernhard Stadelmaier.
Die Kirche stellt heute das einzige denkmalgeschützte Gebäude dar.
Im Rahmen des vereinfachten Dorferneuerungsverfahrens in Rammersberg wurde der Kirchenvorplatz neu gestaltet. In diesem Zusammenhang wurde 2013 auch die Aussenfassade der Filialkirche neu gestaltet.
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